访问网址:

The Cancer Genome Atlas癌症基因组图谱主页

https://cancergenome.nih.gov/

International Cancer Genome Consortium主页

http://icgc.org/

TCGA数据下载页面

https://portal.gdc.cancer.gov/

Pan-Cancer Atlas泛癌症图谱页面

https://www.cell.com/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.html

数据库简介：

2006年，隶属于美国健康研究院（National Institutes of Health，NIH）的美国国家癌症研究所（National Cancer Institute，NCI）和国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）发起了癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas，TCGA）计划。TCGA是国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium，ICGC)研究计划最大的组成部分，主要是得到一个全面的、多维的，针对多种癌症基因组的图谱。目前完成了33种不同癌症类型的数据，总数据量达到2.5PB。该项目涉及的领域不仅包括基因组测序，还包括转录组、甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析，并将它们与临床和影像数据相关联。

2012年，在加利福尼亚州圣克鲁兹召开的一次会议上，医学研究者发起了一项名为泛癌症计划（Pan-Cancer Initiative）的合作，作为TCGA项目的进阶部分，泛癌症计划试图从分子特征角度对癌症进行研究。2018年，泛癌症计划发布了一项更大规模的基因组和分子数据的分析结果，这些数据源自于11,000多例肿瘤患者所患有的33种最普遍的癌症类型，绘制出了一张比癌症基因组图谱更为全面、深入的泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas）。

TCGA收录的了很全面的癌症基因组数据，包括突变，拷贝数变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化数据等。

这些数据可分为三个级别：

level-1: 原始的测序数据（fasta,fastq等）

level-2: 比对好的bam文件

level-3: 经过处理及标准化的数据

如有问题，可联系：

资源建设部:葛老师 025-86185504 [email protected]

参考咨询部:刘老师 025-86185009 [email protected]